1、查核企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费、住房公积金，是否将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计算扣缴个人所得税。

企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。

单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。

2、查核企业按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险（即年金），而为员工缴纳年金（即企业年金的企业缴费计入个人账户的部分），在计入个人账户时，是否视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算扣缴个人所得税。

税法规定对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的年金，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。

3、查核企业在国税函〔2009〕694号文下发前（即2009年12月10日前不含10日），按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险（即年金），而为员工缴纳年金（即企业年金的企业缴费计入个人账户的部分），未扣缴个人所得税的，是否按国家税务总局公告2011年第9号文第二条规定计算方法补扣缴个人所得税。

4、查核企业按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险（即年金），而为月工资收入高于费用扣除标准的员工缴纳年金（即企业年金的企业缴费计入个人账户的部分），在计入个人账户时，是否视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算扣缴个人所得税。

税法规定对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的年金，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。（2011年1月30日起执行）

5、查核企业按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险（即年金），而为月工资收入低于费用扣除标准的员工缴纳年金（即企业年金的企业缴费计入个人账户的部分），在计入个人账户时，与员工个人当月的工资、薪金相加合并后超过个人所得税费用扣除标准的。

其超过部分，是否视为个人一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算扣缴个人所得税。税法规定对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的年金，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。（2011年1月30日起执行）

6、查核企业员工个人自已缴纳的补充养老保险（即年金的个人缴费部分），是否在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除，按税法规定不得扣除，如有扣除的，应补扣缴个人所得税。

7、查核企业为员工支付各项免税之外的保险金，是否在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目扣缴个人所得税。